考虑到大学活动分散、独立、信息不对称等特征以及跨学科合作的需要，有些学校会把部分管理权下放至学部和学院，形成了有限的分权制组织结构形式，但实质上仍是一种直线——职能制的结构，而非像牛津、剑桥书院制那样的真正的分权制的组织结构。因日益凸显的创新合作需求、大科学的平台建设需要、国家资源共享的政策推动，国内外不少大学试图通过强化横向合作以达目的，于是跨专业和院系的研究中心或科研平台建设蓬勃发展，在一定程度上出现了带有“矩阵制”特征的大学组织。虽然矩阵式结构已考虑到学科之间的融合，并具有比直线职能制更多的优越性，但在以职权划分为主导的集权式金字塔结构下，特别是个人和单位利益直接与教学科研紧密挂钩的评估制度下，其横向合作作用仍难以有效实现，不少机构因协作困难而逐步退化为独立的单位，回归于层级官僚架构之中。
大学的学术自由、老师研究兴趣的多元和职业的“散漫”、学生的独立和学习的自主，形成了典型的共生系统，从组织上来说是一种独特的“结构性的无政府状态”，其“本质工作往往是自下而上，而不是自上而下”，其管理常常不是“领导指到哪儿大家打到哪儿”，而是“大家打到哪儿领导指到哪儿”！正如英国有谚语戏称大学类似于养猫，你根本无法规定每只猫的行动路线，但你须让猫知道回家的路。然而，现在僵化的大学组织和评估体系在很大程度上扭曲了学术行为，使大学被割裂成一个个学术孤岛，跨院系的协作常常陷入困境，身处同一栋楼而老死不相往来的现象普遍，难以有效实现本应有的“共生、合作、互赢”的精彩局面。但也不难发现，因刚性的合作需求，在高校也演化出了一些比较流行的容易处理利益关系的合作方式，如“夫妻店”或“师徒团队”。但其相对封闭性和近亲繁殖会大大影响其创新性和更大范围的合作。可以说，当前的组织结构已严重地阻碍了大学系统中信息的敏捷和快速传递、教学和研究的合作与知识的共享。基于知识活动和知识组织特征探索基于网络平台的网络化大学共生机制、组织结构及管理模式迫在眉睫。
在网络环境下，大学组织将会融合分布式结构与专业、学科、院系模块化结构以形成有机的科学社区，在既定的愿景、使命和目标导引下，有效地处理“看得见的信息”和“看不见的信息”，相应地形成“看得见”的规则和“隐形”规则。后者是有关各专业、院系模块活动的信息，是模块中的行动者们根据问题或任务处理的特定需要，自行决策，采取行动并通过行动解决问题或完成任务的过程。而前者是有关大学系统环境的信息，会影响模块间的协作活动。
大学为了应对当代许多颠覆性技术的挑战，以网络化组织为支撑，形成可以互赢共荣的共生系统，让师生员工有创新自由又利于大学整体目标实现，首先需要明确愿景和使命，为所有成员提供行动的“北斗”星；然后针对基本使命的规范活动制定清晰的教职工、学生行为准则、规章制度以及大学不同阶段的发展目标等“看得见”的规则；在此基础上，提倡学术自由和大胆创新，赋予教师和学生自由发挥的空间，充分调动他们的积极性，鼓励合作，以避免大学内部出现教学、科研、服务和交往的“孤岛”；大学领导和管理者主要扮演资源获得、环境营造、创造条件、提供服务等角色，成为冲突和矛盾的协调者，而不是“独断型”的领导，根据可视信息来协调并规范各模块组织的活动，以及他们相互间复杂的联结关系，而各社区和模块组织内部则保持相对的自由度，并通过不可见的信息充分发挥各成员或成员团队的主观能动性，对共同感兴趣的科研课题、问题或任务进行有效的处理。这样就逐步形成教学、科研、服务等多功能兼备的共生共荣的学术社区。
